Nació en Belmonte, cerca de Calatayud (Zaragoza) el 8 de enero de 1601. Era hijo del Licenciado Gracián, médico, y de Ángela Morales, Estudió Filosofía en Calatayud y de Teología en Zaragoza y en 1627 fue ordenado sacerdote. En 1628 se ordenó de presbítero. En 1633 ocupó la cátedra de Filosofía en la Universidad de Gandía. En 1636 fue trasladado a donde conoció a don Vincencio Juan de Lastanosa, prócer de gran fortuna y refinada cultura que se convirtió en su mecenas. Allí acudía un nutrido grupo de intelectuales y artistas, a los que se sumó el jesuita, por lo que sus dos estancias en Huesca (1636-1639 y 1646-1651) fueron particularmente provechosas. Gracián escribió todas sus obras, excepto El Comulgatorio, bajo el nombre de su hermano Lorenzo Gracián o con el seudónimo de García de Marlones, ya que la censura de la Compañía le hubiera impedido escribir de asuntos que no fueran estrictamente religiosos, pero esto no impidió que comenzara a ser atacado y denunciado por sus propios compañeros jesuitas. En 1639 fue destinado a Zaragoza. Allí conoció al Duque de Nocera, Virrey de Aragón, y viajó con él a Madrid en 1641. En Madrid, consiguió un gran éxito como orador sagrado: miles de personas quedaban en las puertas de los templos donde predicaba, sin lograr entrar. En 1642 llegó a Tarragona como vicerrector. A partir de 1644 ejerció en Valencia de predicador y confesor. En 1655 publicó El Comulgatorio. Murió el 6 de diciembre de 1658.